A verificação e certificação do projeto são feitas pela Entidade Operacional, desde que os participantes do projeto tenham feito o monitoramento e desde que o monitoramento tenha seguido as regras acordadas entre os participantes do projeto e a Entidade Operacional.

Após as etapas de verificação e certificação, é feita a emissão do certificado pelo Comitê Executivo. Isto, somente após a Entidade Operacional certificar por escrito para o Comitê que o projeto foi devidamente monitorado e contribuiu para a redução de emissões dos gases de efeito estufa, conforme o esperado. Todas as etapas descritas a seguir foram retiradas da 7ª Conferência das Partes, em Marrakesh, em 2001.

Para ingressar no MDL, todo projeto deve apresentar uma Linha de Base. A Linha de Base (Baseline) é um cenário que representa razoavelmente as emissões antropogênicas de fontes de gases estufa que ocorreriam na ausência da atividade de projeto proposta. Esta deve ser estabelecida pelos participantes do projeto e deve ser apresentada de maneira transparente, levando-se em conta a escolha das aproximações, suposições, metodologias, parâmetros, fonte dos dados e adicionalidades, incluindo as incertezas do projeto. Na Linha de Base do projeto, devem ser apresentados dois cenários: o primeiro cenário deve descrever as emissões antes do projeto; o segundo, as reduções das emissões após a instalação do projeto.

Para projetos florestais, pode haver uma contabilidade do conteúdo de matéria (e conseqüentemente do carbono nela retido) da parte aérea e subterrânea da floresta. A parte aérea corresponde ao tronco, à copa (ramos e folhas) e à serrapilheira. A parte subterrânea corresponde às raízes das árvores e ao carbono retido no solo. Quanto maior a abrangência nesta contabilidade, maiores serão os custos, pois em cada caso deve ser provado que o carbono está presente e retido no material. A Linha de Base pode ser feita por uma Entidade Operacional ou pelos integrantes do projeto. O custo desta operação é estimado em US$ 30.000,00.

Validação
É o processo de avaliação independente de uma atividade de MDL por uma Entidade Operacional designada.

Registro
O registro é a aceitação formal por parte do Comitê Executivo de um projeto validado como um projeto de MDL. É um pré-requisito para a verificação, certificação e promulgação dos certificados deste projeto.

Monitoramento
Deve constar no esboço do projeto um plano de monitoramento. Neste plano, deve haver a coleção de todos os dados de relevância do projeto para que a Entidade Operacional possa acompanhar o andamento das atividades e verificar a precisão dos dados relatados. O plano de monitoramento pode ser baseado em uma metodologia de monitoramento já existente ou em uma nova metodologia. A Entidade Operacional pode sugerir a metodologia mais adequada às circunstâncias do projeto, que tenha sido aplicada em outro projeto com sucesso. Tal metodologia deve ainda refletir uma prática de bom monitoramento, adequada ao tipo de projeto de MDL.

Verificação
A verificação é a revisão independente, periódica e posterior de um projeto de MDL pela Entidade Operacional designada.

Certificação
A certificação é a garantia por escrito, feita pela Entidade Operacional designada, de que, durante um período de tempo específico, o projeto de MDL atingiu as reduções de emissões de GEE, como verificado.

Emissão do certificado
O certificado é emitido pela empresa que gerencia o projeto, sob a autorização do Comitê Executivo. Isto somente quando o projeto for verificado e certificado por parte da Entidade Operacional designada, afirmando que a atividade de MDL está dentro das conformidades verificadas, tendo seguido o procedimento de monitoração acordado entre a Entidade Operacional e as Partes integrantes do projeto.

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